Der findes flere hundrede tusinde planteindholdsstoffer, som ikke indgår i planternes primære metabolisme. Mange af disse stoffer udgør en del af planternes forsvar mod sygdomsfremkaldende mikroorganismer og planteædende dyr.

Kemisk kommunikation

Planter kommunikerer med både deres allierede og deres fjender ved hjælp af kemiske stoffer. De bruger både farver og dufte til at tiltrække bestøvende dyr.

Læs mere i følgende artikler:

Kemien bag blomsters farvestoffer

Hvorfor dufter planter?

Giftige planter

Produktion af giftige indholdsstoffer udgør en del af planters forsvar imod at blive ædt. Der er eksempler på, at giftstoffer i vilde planter er blevet brugt til mord og henrettelser. Se f.eks. "Ricin og gamle paraplyer" og "Skarntyde til Sokrates".

Giftige indholdsstoffer findes også i vigtige kulturplanter. Som regel er koncentrationen af giftige stoffer lavt i kulturplanter, men i kassava er indholdet af cyanogene glukosider så højt, så knoldene kun er spiselige efter grundig forarbejdning. Alligevel er cyanidforgiftning et stort problem. Se Fattigmandskost – forbedring af kassava’s ernæringsmæssige værdi.